在学术研究中，撰写和发布科学论文是重要的一环。然而，随着互联网的普及和信息的易得性，学术不端行为，尤其是抄袭问题日益严重。许多学术机构都要求研究人员进行论文查重，以确保研究的原创性。查重的过程中，参考文献是否被纳入其中成为了一个引发广泛讨论的话题。查重不仅旨在检测文本的相似性，还希望能有效规范学术道德。
查重工具通常会对文稿中的所有文本进行比较，除非特别设置，一般情况下，参考文献也受到检测。参考文献的引用格式和内容在很多情况下都可能与已发表的材料相似，因此在使用查重软件时，重复的参考文献不会被排除。为了避免在查重时因参考文献的相似性导致的重复率过高，研究者在撰写时应确保引用格式正确，同时合理使用引用和改写他人观点，增加文稿的原创性。
一些查重系统提供了自定义设置，让用户选择是否包含参考文献部分。若选择不包含，研究者则可以放心提交，确保主文部分的原创性得到评估。但无论是否选择包含参考文献，研究者都应坚持真实、准确引用文献，避免抄袭，维护学术诚信。这不仅关系到论文的查重结果，更是对学术研究本身的尊重与负责。
整体来看，查重不仅关注论文主体的相似性，也会对参考文献进行检测。研究者在撰写论文时应严谨对待引用，确保学术规范，维护学术环境的清正，以此提升论文质量和个人信誉。